PT Merpati Nusantara Airlines telah menghentikan sementara seluruh penerbangan mulai 1 Februari 2014. Penghentian ini dilakukan lantaran maskapai penerbangan pelat merah itu tak sanggup membayar biaya operasional.
Peristiwa kecelakaan pesawat kembali terjadi di Bandara El Tari Kupang. Pesawat milik maskapai penerbangan Merpati Nusantara Airlines dengan registrasi PK-MZO mengalami kecelakaan di Bandara El Tari Kupang sekitar
Pertamina mulai memasok avtur untuk pesawat PT Merpati Nusantara Airlines yang berangkat dan tiba di Bandara Juanda, Surabaya, dan Bandara Sultan Hasanuddin, Makassar, Minggu (16/10/2011). Mulai Senin ini,
Penerbangan maskapai Merpati Nusantara Airlines terancam lumpuh total, hal ini terjadi karena rekanan pemasok BBM-nya yang sesama BUMN, Pertamina, menghentikan pasokan BBM ke seluruh penerbangan maskapai tersebut.